《洛克人战斗网络EXE3》游戏所取的时间与洛克人〔元祖〕系列一样，属平行宇宙作品。在200X年，电路网络发展迅速，每人都可以拥有辅助电子仪器PET〔个人终端机〕，当中有一种被称为NetNavi〔网络领航员〕、具情感的人工智能。主要围绕主角热斗和他的虚拟拍档洛克人和一众同伴们，共同在网络世界与恶势力的战斗。游戏作品混合了动作暨角色扮演和储卡游戏。在游戏中可以收集程序零件，每块不用的程序零件有着不同的颜色和形状，在个人系统中，可用这些零件来强化洛克人的能力。

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